En el París de finales del siglo XIX, la majestuosa Ópera Garnier es el epicentro del arte y el misterio. Detrás de sus cortinas, oculto en los laberínticos pasadizos subterráneos, vive el Fantasma de la Ópera, un enigmático genio musical de rostro desfigurado que aterroriza a la compañía con su presencia invisible. Su única obsesión es Christine Daaé, una joven soprano cuya voz angelical despierta en él una pasión arrebatadora. Guiándola bajo la promesa de convertirla en una estrella, el Fantasma se convierte en su mentor, haciéndole creer que es el "Ángel de la Música" enviado por su difunto padre.

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Mientras Christine florece en el escenario y atrae la atención de los directivos del teatro, también reencuentra a Raoul, el vizconde de Chagny, su amor de infancia. Este nuevo vínculo provoca los celos del Fantasma, quien percibe a Raoul como un intruso que amenaza su dominio sobre Christine. Pronto, los sucesos en la Ópera se tornan extraños y aterradores: accidentes inexplicables, cartas amenazantes y la misteriosa muerte de un tramoyista evidencian que el Fantasma no es un mero mito, sino una presencia real y peligrosa.

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En un arrebato de desesperación, el Fantasma secuestra a Christine y la arrastra a su morada subterránea, un refugio gótico iluminado por candelabros y custodiado por el silencio de las aguas negras que recorren el inframundo de la Ópera. Aquí, le declara su amor y le ofrece una vida compartida en las sombras. Sin embargo, cuando Christine, impulsada por la curiosidad y el temor, desvela el rostro del Fantasma, su reacción de horror lo hiere profundamente. Su amor se transforma en rabia, y a partir de entonces, su obsesión se torna aún más peligrosa.

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Raoul, determinado a rescatarla, busca la ayuda de un antiguo conocedor de los secretos del Fantasma. Juntos, recorren los pasadizos ocultos del teatro, enfrentando trampas mortales ideadas por el atormentado genio. En el clímax de la historia, Christine es obligada a elegir entre su libertad o condenar a Raoul. En un inesperado giro, Christine muestra compasión por el Fantasma y, con un tierno beso, despierta en él un sentimiento de humanidad largamente reprimido. Profundamente conmovido, decide liberarla y desaparecer para siempre en el anonimato de las sombras, dejando tras de sí su icónica máscara, símbolo de su trágico destino.​